2009年2月24日 星期二

日治時期期刊和圖書全文影像系統

中央圖書館台灣分館是研究台灣史的重要資源之ㄧ
館藏有許多日治時期的重要參考書籍與期刊
例如囊括植物學, 動物學和地質學的"台灣博物學會會報"
當我還是高中的時候
第一次踏入仍位於北科大附近的狹小典藏室
就非常訝異當時的出版品是如此的豐富!

現在的圖書館已經搬至空間更大的中和新館
可以更自在的游移於書架之間
不過, 現在已經可以在家瀏覽館藏豐富的日治文獻了!!

中央圖書館台灣分館建構了兩個線上全文電子資料庫
日治時期期刊全文影像系統 http://stfj.ntl.edu.tw
日治時期圖書全文影像系統 http://stfb.ntl.edu.tw

期刊全文影像系統, 目前共收錄77種期刊
例如"臺灣鑛業會報", "臺灣の山林", "臺灣博物學會會報", "臺灣山岳"等
其資料庫的首頁可以看到完整的期刊名單與簡介
另外它也包括地圖資料庫
可以輸入關鍵字進行地圖的查詢

圖書全文影像系統, 目前已收錄3700本書籍
可以利用"瀏覽檢索"功能
查看資料庫收錄了哪些書籍
或是利用關鍵字查詢特定書籍
例如輸入"炭礦"便搜尋到4筆書目
輸入"鹿野忠雄", 可以獲得6筆書目
(鹿野忠雄是台灣最重要的博物學家之ㄧ, 歡迎Google!!)

欲在館外瀏覽線上全文PDF檔
建議先前往中央圖書館台灣分館申請閱覽證
或是請所屬機構或單位申請IP認證
詳情請見 http://www.ntl.edu.tw/taiwan.tw/content5.php?MainPageID=149&SubPageID=160&content_idx=577&Keyword_Search=

2009年2月19日 星期四

第17屆世界貝類學大會 開始報名!!

上次meeting的時候
提到今年將在韓國舉行的第十屆的醫學暨應用軟體動物學研討會
讓我想到另一個更"生態"的軟體動物研討會

由Unitas Malacologica每3年舉辦一次的世界軟體動物學研討會
2010年7月18~24日將於泰國舉辦第17屆的研討會
目前研討會網站已經釋出報名與徵稿的消息
研討會網站 http://www.wcm2010.com/home.asp

首先是"早起鳥兒專案"
可以選擇全程參與或是只參加幾天
提早報名享有優惠價格--非會員學生價 140歐元 (大人要260歐元)
2009年3月1日將開放線上註冊

研討議題初步分為10大主題:
1. Ecology, Evolution and Biology of Freshwater Bivalves
2. The Biology and Evolution of Limpets
3. Evolution of the Bivalvia
4. Community Ecology of Tropical Forest Land Snails
5. The Last 50 Years of Malacology: Specialization, Methodological Transformation and Globalization
6. Studies on Opisthobranchs Molluscs
7. Emerging Molluscan Models: Biological Questions in the 21st Century
8. Evolutionary Ecology and Genetics of Molluscan Populations
9. The Systematics of Asian Land Snails
10. Mollusc Aquaculture
各議題的簡要說明, 請參考大會網站 http://www.wcm2010.com/symposium.asp
關於陸貝跟雙殼貝就各佔2個議題
可見這兩類生物的熱門與值得探討程度之高!!

之前有瞄到一篇文獻"Toward a global information system for invasive species"
提倡建構一個全球性的入侵生物資料庫
(已經有了!! 請參考 http://www.invasivespecies.net/)
或許也可以新增一個關於貝類資料庫的議題
應該是個很好發揮的主題!!
畢竟這對於區域性動物相(regional fauna)和分類學研究勢必大有幫助!!
如果希望新增議題(也要有人投稿...)
可以直接與Somsak Panha博士連絡
somsak_panha@yahoo.com; somsakp@wcm2010.com

還不知道這個研討會到底多有趣?!
來瞧瞧2007年於比利時舉辦的研討會摘要
http://www.ucd.ie/cobid/unitas/congress/WCM2007abstracts.pdf
近幾屆的軟體動物研討會資料
也可以從這裡下載 http://www.ucd.ie/cobid/unitas/congress.html

看了就很想去跟大家分享研討
有機會見到很多貝類學大師!!
大家一起加油!! 來擠個成果去參加!!

2009年2月15日 星期日

缺乏運動加速身體老化

本文轉載自國科會國際合作簡訊網
http://stn.nsc.gov.tw/view_detail.asp?DOC_UID=0970212001&KIND_NO=A01

缺乏運動加速身體老化
作者:褚志斌 現職:芝加哥大學博士後研究員
文章來源:Archives of Internal Medicine, Vol 168:154-158, 2008
發佈時間:97.02.15

英國科學家最近發現,經常運動可能可以使身體延緩老化。英國倫敦的聖湯瑪斯醫院巒生子研究中心(Twin Research Unit at St Thomas’ Hospital in London)的主任Tim Spector醫生研究了2401對雙胞胎,他的研究團隊測量這些巒生子體內細胞染色體的端粒(telomeres)長度。科學家已知,隨著細胞不斷的分裂、染色體不斷的被複製,染色體的端粒會愈來愈短,端粒本身具有保護染色體上基因的功能。癌細胞不像一般細胞只有有限的壽命,許多癌細胞透過一些酵素的突變,不斷修補端粒,使端粒維持較長的長度。每個人的端粒長度未必一樣,目前已知抽煙者和肥胖者的端粒較一般健康的人短。許多生物學家認為端粒的長度和老化以及壽命長短有關。Tim Spector醫生的團隊將受測的雙胞胎依照他們每週運動時間的長短分成不同組別,結果發現,運動最多(每週平均運動3小時20分鐘)的那組的染色體端粒長度比運動最少的那組(每週運動時間不到16分鐘)的染色體端粒長度,平均長了約200個核苷酸(nucleotides)。

Spector團隊再依照已知的數據推算,認為,運動最少的該組,生理年齡比運動最多的那組老了約10年。研究者也分析了同一對雙胞胎中,剛好一人在運動最多的那組,另一人在運動最少的那組的狀況。結果發現,平均起來,同一對雙胞胎,在運動最多該組的那人比在運動最少那組的兄弟或姊妹的染色體端粒長了88個核苷酸(nucleotides)。由於雙生子的基因完全相同,因此這分析顯示運動和端粒的長度有正相關,而且運動可能延緩老化。這個研究發表在內科醫學學誌(Cherkas L. et al., Archives of Internal Medicine, Vol 168:154-158, 2008)。

研究者表示,他們還無法證明運動直接導致端粒長度較長,但是他們已經排除了各種健康因素差異的影響,包含了抽煙、肥胖和社經地位等等的因素。Spector醫生認為,科學家已知細胞分裂愈多次,端粒就會愈短,因此可能缺乏運動會導致生體必須不斷地進行細胞的更新替代而增加細胞分裂的次數。另外一個可能原因就是氧化壓力(oxidative stress)。身體的許多機能活動會產生活性氧,而造成一些重要蛋白質或酵素被氧化、破壞其活性,使細胞機能受影響而增加細胞的壓力,因此一些科學家和醫生建議攝取抗氧化劑,例如綠茶等,來中和體內過多的活性養,避免身體的老化或癌症的產生。Spector醫生認為運動短時間內會在身體內產生活性氧,但是經常運動很可能有助於激發一些抑制活性氧的機制,保護身體。

許多科學家認為這是個有趣而且重要的發現,但是大多數人都同意應該進行更多的研究,確認運動和端粒長度之間的關係。Spector醫生則指出,有不少科學家對於端粒長度是不是和老化以及壽命長短有關還保持否定或懷疑的態度,因此他們的結論指出運動能延緩老化可能會有一些科學家無法認同。但是未來如果進行更多的研究,包含對其它生理機能的測量,將有助於確定運動是否能讓人類保持較年輕的生理年齡。由於運動已知對降低血壓、避免肥胖和預防心血管疾病等有幫助,因此多運動應該是能讓人活的較健康較長壽的生活方式。



膽大心細,先要察「顏」觀「色」

做實驗需要謹慎小心, 似乎比較適合紅色
看書或閱讀文獻, 除了吸收知識, 也要能激發更多新idea, 比較適合藍色
那圖書館的研究小間, 好像改成藍色裝潢比較適合!!

本文轉載自Sciscape網站 http://www.sciscape.org/news_detail.php?news_id=2427

[Feb 13, 2009]
生物:膽大心細,先要察「顏」觀「色」
編輯 thinhug 報導

不同顏色對認知表現影響面向不同:紅色似乎讓人的行為變得更加謹慎小心,而藍色會在解決日常生活問題時激發更多創造力。

紅色標誌代表了警戒和潛在危機,藍色海洋展現開闊與包容;紅色表徵了浪漫與熱情,而藍色讓人保持冷靜卻隱含憂鬱。雖然在日常生活中我們並沒有意識到顏色和這些意義的高度聯結,但是餐桌鋪上紅色餐巾確實促進了我們的食慾、仰望藍色天空也會讓人思緒突然自由翱翔。

發表在最近一期的Science 雜誌,加拿大英屬哥倫比亞大學(University of British Columbia)的科學家進行一連串的心理學實驗來探討兩種對比色 -- 紅色和藍色,究竟如何影響人類認知表現。實驗找來兩百零八位大學生,先要求他們在兩分鐘內記住呈現在電腦螢幕上的三十六個詞彙,過了二十分鐘再請他們回憶;結果發現當電腦螢幕呈現紅色時,這些詞彙被回憶出來的數目和正確率顯著高於藍色螢幕。這些大學生接著試著對一個物品(例如:磚頭)在有限時間內盡可能想出各種用途時,比起紅色螢幕,藍色能幫助大學生激發出更多有創意的點子。此外,當請這些大學生進行文字校對工作,紅色的背景顏色也有助於他們挑出錯誤的速度,以及提高校對的正確性。

為了觀察不同顏色對於日常生活選擇的影響力,實驗者另外找來六十九位大學生,先在電腦螢幕上對日常用品(例如:牙膏)的某段廣告敘述評定他們對這項產品的喜好程度,當產品的廣告敘述傾向使用「避免」(avoidance)的手法(例如:降低蛀牙風險),紅色的螢幕背景會增加人們對這項產品的喜好;反之,當產品的廣告敘述傾向使用「鼓勵」(approach)的手法(例如:增進牙齒潔白),藍色的螢幕背景則有助於提高對這項產品的好感。有趣的是,這些人接著被詢問對於某項高價產品(例如:相機)的購買傾向,當產品訴求商品的多元功能(比如:背著去旅行),平面廣告的背景設定為藍色會增進人們的購買興致;而當產品訴求商品的特殊裝備(比如:廣角鏡頭)時,背景設定為紅色則大大提高了人們的購買慾望。

心理學家認為顏色對我們的影響其實來自於經驗和學習。由於紅色經常被用來代表危險和錯誤,所以人們會特別提高警覺來避免犯錯;而普遍代表開放與和平的藍色,則會讓人們有積極進取的冒險傾向,也因此帶來更多創意。

這項研究結果除了提供講求細心謹慎的會計師事務所、以及廣告公司創意部門決定室內裝潢顏色基調的科學參考,也帶來更多的可能性讓教師們思考如何利用顏色的特性來設計學習教材、飲料公司如何包裝產品來刺激買氣,或者,在情人節即將到來的前夕,想想該選擇哪一種顏色來包裝禮物。

原始論文Mehta, R., Zhu, R.J. (2009) Blue or Red? Exploring the Effect of Color on Cognitive Task Performances. Science.

參考來源:ScienceNow: Color Me Creative

2009年2月10日 星期二

古老文獻好幫手--生物多樣性遺產圖書館

物種的原始發表報告很難找是眾所皆知
透過科資中心的文獻傳遞
向國外申請一件文獻就是350元起跳
這對小老百姓跟窮學生來說
是一個難以下手卻又非做不可的事情!!

從碩士班時期研究河殼菜蛤的時候
就已經體會到尋找古早文獻
真的是一件勞心又傷財的事(雖然不是我出錢)

現在有一個正在持續建構與成長的生物多樣性遺產圖書館
http://www.biodiversitylibrary.org/Default.aspx
匯整了全球的古老文獻, 公開讓所有人免費獲得這些資訊
非常有助於促進生物多樣性的研究!!
重點是還可以透過它的搜尋系統
尋找內含特定關鍵字的文獻, 比如某科某屬的相關文獻
暨有純文字檔, 圖檔, 還有PDF檔

雖然只能看到古老書籍或期刊的電子檔
還是比不上親手感受它的重量與份量
希望未來有機會, 可以到這樣的古老圖書館去
親眼閱讀, 親手翻閱
那種感覺一定非常棒!!

2009年2月8日 星期日

原來就是他!!

在網路上閒逛算是我的興趣之ㄧ
尤其是有超強搜尋功能的google大師
更是我學習的好伙伴!!

記得N年前曾經在網路上看到一位做礦區觀光研究的老師
印象中是某大學的地理相關科系
前陣子要再尋找, 卻都沒找著!!

剛剛進入中央地質調查所的網站想找看看基隆河的資料
恰巧看到他們過去的教育訓練
2008年10月8日--地下坑道開採回顧與展望
這麼精采的題目竟然沒有及時發現...
講師是賴克富和劉英毓
前者曾經在土城市的海山煤礦任職多年, 現在於台灣區石礦業同業公會
後者是台灣大學地理環境資源學系的講師

喔!! 難道我之前看到的是劉英毓老師?!
找到台大地理系的網頁
http://www.geog.ntu.edu.tw/faculty/yyLiu.html
正巧, 做礦場相關的研究就是他!!
真是開心!! 今天又有一項收穫了!!

親緣地理學研究概況(二): 全球觀點

2008年底, Molecular Ecology期刊登出一篇20年來親緣地理學研究的review
Beheregaray LB. 2008. Twenty years of phylogeography: the state of the field and the challenges for the Southern Hemisphere. Molucular Ecology, 17(17): 3754-74.
http://www.bio.mq.edu.au/molecularecology/pdfs/publications/review_mec08.pdf
著眼於1987~2006年的親緣地理學研究的整體回顧
包括大陸地理分布, 棲地類型, 分類群, 研究時間尺度, 分子標記類型等項目

而2009年初, Journal of Biogeography也邀請親緣生物學之父--Avise JC
撰寫一篇親緣地理學的簡短review
比較偏重於理論和概念層面的回顧與展望
Avise JC. 2009. Phylogeography: retrospect and prospect. Journal of Biogeography, 36(1): 3-15.


Phylogeography一詞自1987年由Avise首度提出
2000年發表其經典教科書"phylogeography: The History and Formation of Species "
親緣地理學的發表研究數量與被引用次數逐年攀升
至2008年結束, 發表數量已超越4000篇(根據Web of Science資料庫統計)
面對這一個持續蓬勃發展的領域
是否有需要再加強的研究區塊?
感謝Beheregaray的review為大家提供一個大方向的回顧
以下將簡要的整理文中的幾項重點
圖表以及詳細內容, 直接看paper原文比較精彩
(個人非常推薦此篇review!!)

Beheregaray利用Web of Science資料庫進行文獻蒐集
以"phylogeography"和"phylogeographic"為關鍵字
搜尋1987~2006年間的original paper (排除review等文獻)
閱讀其文獻的摘要以進行分類與分析(看完就變成大老了...)

1987~2006年間, 共有3049篇文獻發表
平均的被引用次數為每年3172篇
也特別提及被引用次數前N名的文獻有哪些!!

若以發表的期刊領域來看 [請見Beheregaray (2008) Table 1]
72%的文獻屬於"演化生物學", "生態學", "生化與分子生物"和"遺傳學"四大領域
親緣地理學發表最多的前10名期刊, 便佔全部的49.5%
前5名分別為"Molecular Ecology", "Molecular Phylogenetics and Evolution", "Evolution", "Biological Journal of the Linnean Society"和 "Heredity"

從生物樣本採集地點來看 [請見Beheregaray (2008) Figure 2a]
77%的文獻採樣完全位於北半球, 15%在南半球, 僅6%的研究採集自多個大陸
2%有進行跨赤道的樣本採集
不過這和研究的物種, 空間尺度, 愈探討的問題也有關係
有趣的是, 作者提到北美大陸物種最豐富的中美洲地區, 研究僅佔9.7%
亞洲大陸物種最多的東南亞, 研究佔20%
但是地球上物種最多的南美洲, 研究卻只有6.3%

若以生物的棲息環境來分類 [請見Beheregaray (2008) Figure 2b]
陸生生物佔65%的研究, 水生生物佔18%, 海生生物為17%

而單一研究所採用的分類群數量 [請見Beheregaray (2008) Figure 2c]
68%的研究使用單一分類群(taxon), 25%採用多個分類群(multiple taxa)
但以comparative phylogeography為角度進行研究的, 僅佔8%

檢視各文獻愈探討的時間尺度 [請見Beheregaray (2008) Figure 2d]
第四紀(0~2百萬年前)佔69%, 第三紀(2~66百萬年前)佔11%, 第三紀和第四紀佔2%
18%的研究未明確指出研究的時間尺度(作者有提醒要注意這一點!!)

分析各研究所使用的分子標記 [請見Beheregaray (2008) Figure 6 & 7]
整體來看, 89%的研究僅使用單一種分子標記
採用單系遺傳的分子標記(粒線體或葉綠體)近十年有比例下降的趨勢
而使用核DNA的研究在過去5年, 一直維持在13%左右
同時採用粒線體(或葉綠體)和核DNA的研究有增加的趨勢
畢竟這兩種遺傳方式不同, 所受到的天擇或族群歷史事件之影響也會不同
採用多種分子標記, 比較能清楚分析!!

另外, 作者也將各文獻所分析的生物區分為10大類:
哺乳動物, 魚類, 兩爬, 鳥類, 陸生植物, 水生植物, 陸生無脊椎, 水生無脊椎, 微生物, 真菌
交叉分析不同大陸 [請見Table 2], 棲息環境和分類群數量 [請見Table 3]
以及所採用的分子標記 [請見Table 3]

由於各生物類群在文中都有詳盡的分析說明
再此列舉一些比較值得注意的重點
如果從各大陸的角度來看 [請見Beheregaray (2008) Table 2]
亞洲的各種生物類群研究比例大多次於歐洲和北美
兩爬研究為六大陸最低(9%), 水生無脊椎研究(14%)少於歐洲, 北美洲和澳洲

各生物類群的研究均集中於北半球 [請見Beheregaray (2008) Table 2]
部分是南半球的研究比例次之
但是有3類生物的全球尺度研究比例僅次於北半球
微生物40%, 真菌38%, 水生植物29%

關於無脊椎動物的部份
作者提及無脊椎動物相對於其他動物
更容易採集到共域分布的物種
因此非常適合進行comparative phylogeography的研究
但是此類研究只佔無脊椎動物的8%
仍有待努力的空間!!

而分子標記方面
無脊椎動物使用粒線體DNA的研究非常普遍(尤其是COI)
個人看法: Folmer等人(1994)所發表的COI無敵universal primer實在太強了!!
而結合核DNA和同功異構酶(allozyme)的研究為其他生物類群之冠
但採用微衛星DNA (microsatellite DNA, 或稱微隨體DNA)的研究仍偏低

作者針對親緣地理學的研究現況, 提出幾個建議加強的方向
1. 親緣地理學者和地球科學者應加強合作和整合
2. 闡釋生物地理分布時, 應加入時間的元素
3. 應加強無脊椎動物, 微生物和真菌類群的親緣地理學研究
4. 加強研究散佈能力低的生物的族群歷史, 以了解區域性的演化和生態過程
(蝸牛就是一個最適合的生物啦!!)
5. 結合粒線體DNA, 微衛星DNA等多種分子標記, 有助於釐清其族群歷史及分化時間

讀完這篇review, 真的是收穫非常豐富
了解親緣地理的研究現況之外
也對未來的方向能夠稍為釐清
我在想, 台灣的地質研究是否有更新的證據了??
除了各地湖泊鑽探的孢粉學研究, 提供近期的區域性氣候歷史
是否有其他對台灣島的形成有更多的了解?
整合地質學和親緣地理學的研究
應該能為台灣的物種來源, 擴散, 演化, 分布模式提供更近一步的解讀

2009年USNEWS美國大學生物學類學術排名

本文轉載自 Sciscape網站 http://www.sciscape.org/news_detail.php?news_id=2372

2009年USNEWS美國大學生物學類學術排名
編輯 esinstra 報導

美國新聞與世界報導(US News and World Report,USNEWS)本週推出2009年美國大學學術排名,在此介紹生物科學類研究所整體排名與各專業領域排名,以供有志留美的讀者參考。

在生命科學類整體排名方面,前六名依序為史丹佛(Stanford University)、麻省理工(Massachusetts Institute of Technology)、柏克萊(University of California--Berkeley)、加州理工(California Institute of Technology)、哈佛(Harvard University)、約翰霍普金斯大學(Johns Hopkins University),第七名有五間學校並列,各為洛克斐勒大學(Rockefeller University)、斯克利普斯研究院(Scripps Research Institute)、加州大學舊金山分校(University of California--San Francisco)、聖路易華盛頓大學(Washington University in St. Louis)、耶魯大學(Yale University)等,這項排名與2008年結果幾乎完全相同。以下為生物學類整體排名: (點圖放大)
在各專業領域方面,則未必與整體排名一致,而是各有千秋。在生化領域方面,前三名分別為哈佛、麻省理工、史丹佛大學,與分子生物學、細胞生物學、遺傳學、神經科學、微生物學、免疫學領域的前三名雷同。但在演化領域則有些差異,前五名分別為芝加哥(University of Chicago)、哈佛、柏克萊、加州大學戴維斯分校(University of California--Davis)、杜克大學(Duke University)等。以下為各專業學門前十名排名: (點圖放大)


若考量到地理位置,美東、美西、美中各不相同,如較高緯度的芝加哥大學冬天冰天雪地,而加州大學系列則是風光明媚,氣候也可能是一個很重要的考量,可參照以下美國地圖來估計適合自己的地點。(Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the terms of the GNU Free Documentation license.)


◆註:美國各州中英文州名及英文縮寫:阿拉巴馬 Alabama AL;阿拉斯加 Alaska AK; 亞曆桑那 Arizona AZ; 阿肯薩斯 Arkansas AR; 加利福尼亞 California CA; 柯羅拉多 Colorado CO; 康涅狄格 Connecticut CT; 德拉瓦 Delware DE; 佛羅里達 Florida FL; 喬治亞 Georgia GA; 夏威夷 Hawaii HI; 愛德華 Idaho ID; 伊利諾 Illinois IL; 印地安那 Indiana IN; 愛荷華 Iowa IA; 肯薩斯 Kansas KS; 肯塔基 Kentucky KY; 路易斯安那 Louisiana LA; 緬因 Maine ME; 馬里蘭 Maryland MD; 麻塞諸塞 Massachusetts MA; 密西根 Michigan MI; 明尼蘇達 Minnesota MN; 密西西比 Mississippi MS; 密蘇裏 Missouri MO; 蒙大納 Montana MT; 內布拉斯加 Nebraska NE; 內華達 Nevada NV; 新罕布夏 New Hampshire NH; 新澤西 New Jersey NJ; 新墨西哥 New Mexico NM; 紐約 New York NY; 北卡羅來納 North Carolina NC; 北達科塔 North Dakota ND; 俄亥俄 Ohio OH; 奧克拉荷馬 Oklahoma OK; 俄勒岡 Oregon OR; 賓夕法尼亞 Pennsylvania PA; 羅德島 Rhode Island RI; 南卡羅來納 South Carolina SC; 南達科塔 South Dakota SD; 田那西 Tennessee TN; 德克薩斯 Texas TX; 猶他 Utah UT; 維蒙特 Vermont VT; 維吉尼亞 Virginia VA; 華盛頓 Washington WA; 西維吉尼亞 West Virgin WV; 威斯康辛 Wisconsin WI; 懷俄明 Wyoming WY; 哥倫比亞特區 Dist. Of Columbia DC

參考來源:
America's Best Graduate Schools 2009
The Sciences - Best Graduate Schools - Education - US News and World Report



2009年2月5日 星期四

被達爾文掩蓋的甲蟲獵人: 華萊士(Alfred Russel Wallace)

本文轉載自 知識通訊評論
http://highscope.ch.ntu.edu.tw/?p=1405

被達爾文掩蓋的甲蟲獵人: 華萊士(Alfred Russel Wallace)
(知識通訊評論第70期)

一百五十年前,近代演化理論最先是兩個人同時提出的,但是後來只剩下達爾文一人的光芒,另一位識見廣博的科學家華萊士被人忽視。然而華萊士只謙抑自稱是熱情的甲蟲獵人,也不吝推崇達爾文的貢獻。在近代科學名聲爭奪的喧囂中,華萊士的行徑,益如空谷足音。

一百年前,為紀念達爾文(Charles Darwin)與華萊士(Alfred Russel Wallace)物競天擇演化論研究報告發表五十週年,英國倫敦林奈學會頒發第一屆達爾文-華萊士獎,來表彰對演化論研究有貢獻的得主。一九○八年共有七位獲獎人,其中六位獲得銀牌,包括高登(Francis Galton)、海克爾(Ernst Haeckel)、胡克(Joseph Dalton Hooker)等人,唯一的金牌得主為華萊士本人,當時他年屆八十五歲高齡,距離他後來過世尚有五年,期間他也還出了三本著作。

華萊士向來婉拒參與學術典禮,那次特別從多爾塞郡住處赴倫敦出席,他在演說提到,「為什麼這麼偉大知識份子都失敗,而達爾文與我卻能找到問題的解答?」,他的結論也很有自抑兼獨到見解的特色:「因為我們兩人早年都已是熱情的甲蟲獵人。」

華萊士在演說中亦淡化自己在演化論中的角色,在一九○八年的慶祝活動中,有份記錄甚至完全略過他的出席和演說,只有植物學家胡克是「唯一獲注意的受獎人」。

有些人僅將華萊士視為演化論研究裡的「另一個人」,只是刺激達爾文發展出這項理論,甚至覺得他是個怪人,晚年因著迷唯心論與社會主義,故荒廢生物學思維。

實際上,華萊士是位頂尖科學家,對演化生物學與生物地理學諸多方面至今仍影響深遠,他對演化論的研究便足堪明證。雖然常有陰謀論者指稱華萊士受達爾文欺騙,華萊士仍得償所望,獲得科學界認同,達爾文亦站穩開學科先河的地位,而他的那本重要著作,明年也將以「現代生物學基石」的榮耀舉辦慶祝活動。

兩人都沒有預料到,他們會於一八五八年在林奈學會共同發表物競天擇論。不過華萊士也並非如外界描繪般參與有限,此事再度證明許多科學家早己明白的道理:新學說少有是由一人獨力完成,必須仰賴同儕支持、科學網絡與學界互動,當然也包括學說本身的力量。

出身卑微
華萊士出生於一八二三年一個家道中落的中產階級家庭,完成基本學業後,便跟著擔任鐵路測量員的哥哥做助理,手拿著測量柱跋涉於英格蘭鄉間,讓華萊士逐漸對自然史產生興趣。離開這份工作之後,華萊士在一八八四年花了一年時間在蘭瑟斯特擔任教師,也在當時遇見貝茲(Henry Walter Bates),是位對自然史經歷豐富的十九歲青年,尤其是甲蟲,讓華萊士也成為「熱情的甲蟲獵人」。同年,錢柏斯(Robert Chambers)匿名發表內容備受爭議,有瑕疵卻又廣為人知的演化理論,他在《創造自然史的遺跡》這本著作中提出普適的「發展法則」,華萊士則認為這是個「富創意的假說」。

受到達爾文與鴻博(Alexander von Humboldt)探訪旅程記錄的啟發,華萊士與貝茲於一八四八年啟程前往亞馬遜叢林。他們將特有標本賣給博物館與收藏家換取旅費,兩人與達爾文的經驗相當不同,達爾文因為有獨立的財源,像是受船長邀請登上小獵犬號的客人,而華萊士與貝茲必須自尋財源,仰賴當地民眾的款待與協助,還有倫敦的經紀人為他們的標本尋找買主。

經過四年探索、採集和潦倒,華萊士於一八五二年自巴西返國,但旅程最終卻以災難收尾,由於船隻在大西洋上失火,他幾乎失去所有樣本,甚至幾乎喪命。由於缺乏具體成果,華萊士希望成為科學界菁英一員的心願自然化為泡影。他後來在一八五四年前往東南亞,希望讓一切從頭開始。

經過一年的東方之行,他自認足以寫出關於演化過程的重要宣言,〈新物種發現法則〉於一八五五年發表於《自然史雜誌暨年鑑》中,這本重要期刊的讀者包括業餘與專業人士。華萊士在其中指出,相似物種存在的時空通常相同,他認為生命原就是基因趨向多元的過程,這篇文章讓他得到想望已久在科學界地位的向前邁進一大步,不過還不足以讓他獲眾人注目。

一八五六年初,地質學家雷爾(Charles Lyell)向達爾文提及華萊士的文章,提醒他可能有對手出現。居住在加爾各答的英國博物學家布里斯(Edward Blyth)也寫信向達爾文,「我認為華萊士思維清晰,根據他的理論,好幾種動物的分支後來都發展為物種」。一八五六年五月,達爾文開始寫作長久計畫的長篇作品,打算命名為「物競天擇」,他開始與華萊士聯絡,提到雷爾與布里斯讓他注意到華萊士的研究,覺得這些內容未獲重視很可惜,他在信中表示,「多數博物學家並不關心物種描述以外的事」,而且達爾文也同意華萊士的研究結論,此事讓他十分意外,自己竟與科學界明星直接通信。

華萊士所提出的法則只是半個演化論,一八五八年二月,他在罹患瘧疾期間偶然發現另一半理論,他在閱讀經濟學家馬爾薩斯(Thomas Malthus)著作時,突然意識到適應良好的群體將逐漸取代適應不良者。他焦急地希望趕緊退燒,好讓他能「立刻在研究報告中提及此事」,報告名稱為〈變種可能永遠脫離原生種〉。他之後的舉動令人驚訝,並沒有研究報告直接送往期刊發表,反倒寄給達爾文,畢竟從沒有其他人對他的研究產生過興趣。

驚人的巧合
一八五八年六月(確切日期不明),達爾文接到這份內容一針見血的手稿,而且與自己多數演化天擇論的觀點不謀而合。他在一八五八年六月十八日晚間寫信給雷爾,「我從未見過如此巧合,…若華萊士有我在一八四二年寫下的手稿,也不可能寫下比這個更好的摘要!」

部分研究華萊士的學者認為,達爾文可能提早幾個禮拜便收到華萊士的手稿,並利用這段期間修飾他的作品,但是過去二十年的文獻記錄也證明,達爾文的演化論是逐步發展而成,有些人指控他剽竊華萊士的趨異演化概念,不過他對此早有清楚的想法,華萊士並未提出任何達爾文未知的內容。

文獻發表在十九世紀科學界的重要性與今日相仿,誰的手腳快便影響到學術生涯成敗。華萊士的文章早己準備發表,達爾文也認為,他應該己將文章送往他處,雷爾也認為華萊士是先行者,達爾文也覺得應該讓華萊士獲此榮耀,但雷爾與胡克則建議達爾文,不該放棄做為學術理論創始人的地位,認為應該還有斡旋空間。

這個斡旋空間也改變此後歷史學家的看法,胡克與雷爾提議改為共同發表,讓兩人能共享榮耀。雖然惴惴不安,達爾文仍舊挑選部分內容寄給兩人,證明自己較早發現這項理論。雷爾與胡克趕忙將達爾文及華萊士的文章送交林恩學會,該學會由於適逢前主席植物學家布朗(Robert Brown)過世,特別調整延後季末特別會議的日期。人們常說這是兩人共同發表演化論,但其實是兩人各自在文章中闡述相同概念。就在一百五十年前的七月一日,雷爾與胡克將〈變種可能永遠脫離原生種〉和〈變種永存與物種天擇〉兩篇文章送抵林恩學會。

兩位作者均未出席,達爾文因么兒在兩天前因猩紅熱夭折而哀痛不己,華萊士則在紐幾內亞現今名為馬羅考基的地區身染重病。

華萊士後來得知消息,立即寫信給達爾文等人表示完全贊同這項安排。他在給母親的信中寫道,「我接到達爾文先生與胡克博士來信,他們是英國兩位重要博物學家,我備感榮幸,我寄了一篇文章給達爾文,主題與他正撰寫的重要作品相符,他將文章讓胡克博士與雷爾爵士看,兩人覺得很重要,所以立刻展閱,之後送至林恩學會,這使我確信回國之後,一定會與這些要人見面並得到協助…」

華萊士終於因此獲得學界肯定,雖然過為崎嶇,終於從「熱情的甲蟲獵人」變成學界傑出人士。縱然兩人的學術道路後來分歧,但這種共享的精神仍然不變。

兩篇文章在林恩學會一八五八年八月的期刊中發表,當時華萊士正旅行至印尼摩鹿加群島的提納達,達爾文則正在撰寫《物種原始》一書。和一般故事不同的是,許多人都同意兩篇文章的重要性;與胡克及達爾文熟識的美國植物學家葛雷(Asa Gray)便在文章中指出,演化論對解釋植物分布模式極有價值,劍橋大學的年輕鳥類學家紐頓(Alfred Newton)徹夜閱讀他們的著作;不過林恩學會主席貝爾(Thomas Bell)卻因為在一八五八年年度回顧寫下一段話,讓他在歷史裡增添一筆負面記錄,他表示:「今年己結束,但卻沒有任何能震撼某個學科的新發現誕生。」

一門新科學
後來是由《物種原始》這本書掀起革命,華萊士一年後拿到這本書也之著迷,他寫給朋友斯克(George Silk)的信中提到,「達爾文先生讓世界看見一門新科學」,還說,「他的名字將超越古今任何哲學家,獲得世人最高的景仰!」

為何如此心胸開闊又具備遠見的人,後來卻不受大眾注目,而那些厭倦達爾文熱潮的人,也仍對華萊士大感興趣?

在研究華萊士對演化論的角色時,還有幾個人也應該一併提及。過去二十年間,外界逐漸意識到達爾文發現演化論的故事還有其他細節,也不是達爾文獨力發現一切,很多人認為這項理論是循序漸進而成,其中包括拉馬克(Jean-Baptiste Lamarck)、史賓塞(Herbert Spencer)等知名人士,還有許多沒沒無聞者所提出的理論也同等重要。紀念華萊士一方面是肯定演化論的重要性,但也不免讓人好奇,為何達爾文的名聲能如此平步青雲。

其中一個因素是科學界的結構。首見,學界與大眾都認為科學不斷在進步,而每一步都有一位先驅者,也就是先行者的全贏,後世之人不重視後至者。第二,科學理論的重大改變不只是新概念形成,流通與討論同等重要。達爾文的著作出版後不久,在評論與文章裡開始出現「達爾文主義」一詞,也迅速帶動一股知識界的運動,開始研究其他人的作品,如史賓塞、錢柏斯、赫胥黎(Thomas Henry Huxley)、海克爾以及華萊士。而達爾文與他的《物種原始》也成為許多激進理念高舉的標誌。

華萊士或許影響了自己日後的發展,例如他將自己的一本重要著作命名為《達爾文主義》。達爾文出版《物種原始》之後,均以鞏固這項理論為主要寫作方向,提供更多佐證;華萊士寫作主題分散,從莎士比亞的真實身分至鐵路勞工罷工兼而有之。達爾文的政治立場雖然明顥,但鮮少公開表態;反觀華萊士明顯是個社會主義者,並成土地國有化學會積極行動的會長,該組織深信土地私有是一切社會不公的根源。

在激進理念吸引之下,華萊士成為唯心論者,相信骨理學才是「真正的心智科學」,並堅持反對接種牛痘,這些態度均影響科學家對他的看法。有些華萊士的支持者認為,他其實是維多利亞時期階級制度的受害者,然而他的問題並不只是出身卑微,畢竟相當支持達爾文的赫胥黎出生於屠戶,依然成為英國重要科學家。

後來達爾文日益耀眼,華萊士則日趨黯淡,達爾文逝世時,社會主義作家艾維林(Edward Aveling)稱他為「英國科界第一人」,達爾文形同演化論的代名詞,更橫掃十九世紀的社會輿論。華萊士則從未得到達爾文般的名聲,雖然他過世後兩年,英國政府一九一五年揭幕了設於西敏寺牆上的紀念浮雕,但華萊士並未葬於西敏寺。他的住家亦未變為博物館,嘲諷演化論的文學或漫畫裡,也從未見過華萊士的身影;華萊士未曾如達爾文般,讓大眾注意到加拉巴哥島,社會沒有出版的手稿,也沒有保存他的圖書室。

未來在科學史的功過爭議上,華萊士與達爾文肯定將是少數的例外。

二十一世紀初開伊始,達爾文的地位依然崇高,任何關於演化論的討論都會提及達爾文,關於演化論的正反網站上也都有他,書籍、郵票、展覽、研討會、慶典、藝術作品裡也有達爾文,林恩學會於一八八一年委託藝術家科利勒(John Collier)繪出達爾文的肖像,並送交副本至國家肖像畫廊、皇家學會與達爾文博物館;而華萊士的畫像則遲至一九九八年才掛上林恩學會。

華萊士謙虛的同意這種差別待遇。在一八六九年一封書信中,他將達爾文比擬為統領所有細節的大將軍,而自喻為游擊隊,只在小戰役中發揮功能,「我衷心感謝達爾文在我之前研究演化論多年,沒有讓我一個人獨立嘗試與失敗,讓他完成如此偉大的的作品。」

回顧一百五十年前,達爾文胞兄艾拉默斯(Erasmus Darwin)也曾提及華萊士的雅量,他於一八七一年前寫信給達爾文的女兒漢莉塔(Henrietta Darwin)時便曾說過,「未來在科學史的功過爭議上,華萊士與達爾文肯定將是少數的例外。」

(本文為二○○八年六月二十六日《自然》雜誌專文,作者為華萊士著作選集評註主編的哈佛大學生物講座貝瑞(Andrew Berry)以及兩卷達爾文傳記作者的科學史教授布朗妮(Janet Browne))

搭上達爾文200歲慶祝列車--2009福爾摩沙科學季之永遠的達爾文

跟隨國際的腳步, 台灣也歡慶達爾文200歲
英國文化協會與國立台灣博物館, 自然科學博物館等各單位
規劃了一整年的活動以及達爾文巡迴特展
(斯文豪也是英國人... 之前的斯文豪特展可能算小咖, 真是差別待遇)

「永遠的達爾文DarwinNOW」巡迴特展
4~6月 高雄國立科學工藝博物館
7~8月 台中國立自然科學博物館
7~9月 屏東國立海洋生物博物館
9~12月 台北國立臺灣博物館與台東國立臺灣史前文化博物館同時展出

3~12月 台灣大學將舉辦一系列的「達爾文200」相關活動
包括科普演講, 達爾文講座以及「演化主題及生態攝影作品展覽及視覺藝術展」

3月13~15日台大劇場將邀請動見體劇團演出「達爾文之後」舞台劇

國立自然科學博物館也另行籌劃達爾文特展, 將於6月19日展至10月12日

國立臺灣博物館將於9月27日起辦理10場「大師開講達爾文」系列講堂

東海大學也將舉辦多場演講和討論會,並展示過去東海大學的演化相關研究成果

台北植物園則企劃了「2009 生物多樣性保育年系列活動」,「自然中心工作坊」

以上活動資訊, 來自台灣博物館新聞稿
http://www.nmns.edu.tw/nmns/activity/news/2009/attach/980206-DarwinNow.pdf

另外, n年前搬遷到士林的台灣科學教育館
展場也有關於達爾文的演化學說
還有實際比例的象龜模型可供合照(應該是小朋友的最愛!)

歡迎大家前往觀賞~

搭上達爾文200歲慶祝列車--國家地理頻道特輯

看到許多達爾文先生200週年慶祝活動的消息
台灣也是熱烈響應!!
那對於台灣有更重大貢獻的斯文豪(或稱郇和)
會不會暗自啜泣呢??

國家地理頻道2/8起, 連3週播出達爾文特輯
有興趣的觀迎"暗時"收看 (晚上9點播出)

以下部分文章轉載自國家地理頻道
http://www.ngc.com.tw/Programmes/Main.aspx?Id=1138

為了紀念達爾文誕辰兩百週年以及《物種原始》出版150週年,
本特輯一系列節目,將詳細說明到底是哪些獨特而怪誕的演化之旅,
締造了某些地球上最令人讚嘆的動物:鳥、熊和鯨魚;
同時也將追溯科學界一位最多產也最具爭議的生物學家長期的研究歷程,
他的理論在19世紀撼動全球,至今仍舊引發不少爭議。

達爾文的演化遠征 Darwin's Lost Voyage
2月8日 星期日 @ 21:00

在搭乘小獵犬號(H.M.S. Beagle)環遊世界的五年之中,達爾文只在加拉巴哥群島待了五個星期。有別於一般的看法,他最大的頓悟並不是發生在加拉巴哥群島上,其實是原自多年在南美洲野地探險的經驗,當地的森林成為達爾文信仰的教堂。在這個從沒見過的世界裡,達爾文的感官被充滿生命的環境淹沒,但他的發現,卻使19世紀的博物學家感到困惑。他質疑他所發現的巨大化石,為何與樹懶和犰狳如此相似;為何他看到的企鵝和鳥類,把翅膀當成鰭和帆來使用,而不是用來飛行;為何在岩層裡發現的貝類,離海岸居然有一百多哩遠?這一切都要等到達爾文離開加拉巴哥群島--深深吸引他的是島上的嘲鶇而非雀鳥--他才有所領悟而構思出偉大的理論《物種起源》。

演化足跡: 陸上行鯨 Evolutions: The Walking Whale
2月15日 星期日 @ 21:00

現代鯨魚雖然是非常適應海洋環境的海中之王,鯨魚的老祖宗可是一種體積小得多的陸棲食肉動物。古生物學家在巴基斯坦的一座山脈,挖掘出一塊不完整的顱骨,屬於一種不知名的哺乳動物。雖然巴基鯨的外型與狼酷似,考古小組一直無法把這塊化石分類,直到發現內耳的一塊S形小骨為止。令人驚奇的是,巴基鯨根本不是犬科動物,而是一種過渡動物--一種原始鯨魚--正準備嘗試在水中覓食。這種笨重的陸上動物花了五千萬年、經歷不少關鍵性的演化發展,才成為現在的高等動物。巴基鯨的祖先內耳的巧妙演化,使牠們能取勝於超大掠食動物。同時還發育出一種自然界最精密的捕獵工具,聲納。但因為演化而受惠的,不只是鯨魚。牙齒和人類的手一樣大的超大鯊魚也是可怕的對手,鯨魚必須善用所有演化出來的工具才能生存。

演化足跡: 迅猛火雞 Evolutions: Dino Turkey
2月22日 星期日 @ 21:00

科學界早已表示恐龍已經絕種;不過證據顯示有一種恐龍根本沒有消失,反而演化成為一種新生物,和人類共存。在一次有趣的演化轉折中,迅猛龍--因為電影侏羅紀公園而永恆不朽的一種凶猛掠食動物--已經演變成一種相當溫馴的後裔:火雞。但身為天生殺手的迅猛龍,又是如何及為何演變成這種低調、長相還有點古怪的鳥類呢?儘管許多人想像迅猛龍是一種和人類身材差不多、外皮猶如蜥蜴的殘忍猛獸。但現在古生物學家相信迅猛龍的高度只到人類的腰部,全身長滿了羽毛。儘管覆滿羽毛,迅猛龍卻是演化的死胡同,飛不起來,並且在幾百萬年前就絕種了。始祖鳥就是迅猛龍和現代鳥類之間失落的連結。這種「恐龍鳥」生存在一億五千萬年前,體型比貓還小,很容易成為沒有羽毛的飛行爬蟲類--翼手龍--的獵物。但一枚巨大的隕石撞擊地球,將地表夷為平地、觸發了海嘯和火山噴發,大地一片漆黑,凡是比貓還大的動物一律滅絕,促成了現代鳥類的演化和大量生長。

2009年2月3日 星期二

族群遺傳分析軟體指南

前陣子在SCOPUS資料庫閒晃的時候
發現一篇針對族群遺傳分析軟體的review paper
Excoffier L & Heckel G. 2006. Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Nature Reviews Genetics 7: 745-758.
老鳥, 菜鳥都適合閱讀的軟體指南!!

文中選取23種軟體, 簡介可分析的分子標記, 功能, 特色, 分析方式和前提假設
並將這些軟體分為3大類:
(1) Multi-purpose packages: 分析各種遺傳多樣性指數, 例如MEGA, DnaSP
(2) Individual-centred programs: 分析族群的遷入率等, 例如Structure
(3) Specialized programs: 分析特定的演化事件的參數, 例如LAMARC

由於各種軟體的檔案格式都不一致, 需要轉檔才能用於另一軟體分析
(有做過族群遺傳分析就知道, 檔案格式多樣性很高!!)
因此本文也介紹2種轉檔軟體, 並以圖表呈現各軟體的檔案格式關係

在應用這些軟體分析辛辛苦苦定序出來的DNA之前
一定要閱讀各軟體的手冊
了解所分析的數值代表的意義(把原始文獻挖出來可能比較好)
還有各參數是否需要進行設定(例如mutation model)
這樣所獲得的數值才能夠比較正確的解讀!!

文後也統整各種數值和分子標記, 可用何種軟體進行分析
包括敘述性統計, 連鎖不平衡, 族群結構, 族群擴張或衰減, 分化時間, 遷移率, 中性檢測等
作者也貼心的在引用文獻部份
特別針對幾篇文獻進行簡短說明(這就代表要找來看...)

看完這篇文章, 有一種更深的體認
用分子標記進行生態上的研究還真不容易!!
要透過各種軟體的分析獲得數值
配合不同面向的分析做出合理的解釋
最重要的是, 要符合該物種在野外環境的狀況
繞了一大圈, 生態的東西還是很重要的!!

2009年2月1日 星期日

古老期刊線上版--Transactions and Proceedings of the Royal Society of New Zealand

過了漫長的10天年假
每天睡很飽, 胖了2公斤, 還有腦袋快生鏽的感覺!!
不免俗的, 還是要祝大家新年快樂~

剛剛在網路上發現了一個好網站!!
Transactions and Proceedings of the Royal Society of New Zealand的線上版
http://rsnz.natlib.govt.nz/index.html
此期刊是紐西蘭最重要的古早科學期刊之ㄧ
線上版提供1868~1961年度的期刊全文PDF檔
內容涵蓋植物學, 動物學和地質學
網站除了提供全文搜尋之外
還分成各卷期文獻目錄, 圖版目錄, 以及作者目錄

科學的進步就是靠前人不斷的知識累積
我們不是站在巨人的肩膀上看世界
說是站在前人的肩膀上看世界, 可能比較貼切!

台灣花了很多經費在數位典藏
雖然涵蓋範圍很廣, 包括標本, 文物, 古地圖, 建築, 舊報紙等等
古籍和文獻類似乎都集中於歷史人文類的部份
但似乎很少有關於自然科學的部份
(台中圖書館有數位化一小部份 http://jdlib.ntl.gov.tw/ 例如: 堀川安市)

台灣的自然科學研究雖然從歐美等國學者來台開始(清朝時期)
奠定今日的基礎卻是在日治時期
有些重要的期刊, 例如台灣博物學會會報, 科學的台灣
也是很值得數位化的!!