族群遺傳分析軟體指南

前陣子在SCOPUS資料庫閒晃的時候
發現一篇針對族群遺傳分析軟體的review paper
Excoffier L & Heckel G. 2006. Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Nature Reviews Genetics 7: 745-758.
老鳥, 菜鳥都適合閱讀的軟體指南!!

文中選取23種軟體, 簡介可分析的分子標記, 功能, 特色, 分析方式和前提假設
並將這些軟體分為3大類:
(1) Multi-purpose packages: 分析各種遺傳多樣性指數, 例如MEGA, DnaSP
(2) Individual-centred programs: 分析族群的遷入率等, 例如Structure
(3) Specialized programs: 分析特定的演化事件的參數, 例如LAMARC

由於各種軟體的檔案格式都不一致, 需要轉檔才能用於另一軟體分析
(有做過族群遺傳分析就知道, 檔案格式多樣性很高!!)
因此本文也介紹2種轉檔軟體, 並以圖表呈現各軟體的檔案格式關係

在應用這些軟體分析辛辛苦苦定序出來的DNA之前
一定要閱讀各軟體的手冊
了解所分析的數值代表的意義(把原始文獻挖出來可能比較好)
還有各參數是否需要進行設定(例如mutation model)
這樣所獲得的數值才能夠比較正確的解讀!!

文後也統整各種數值和分子標記, 可用何種軟體進行分析
包括敘述性統計, 連鎖不平衡, 族群結構, 族群擴張或衰減, 分化時間, 遷移率, 中性檢測等
作者也貼心的在引用文獻部份
特別針對幾篇文獻進行簡短說明(這就代表要找來看...)

看完這篇文章, 有一種更深的體認
用分子標記進行生態上的研究還真不容易!!
要透過各種軟體的分析獲得數值
配合不同面向的分析做出合理的解釋
最重要的是, 要符合該物種在野外環境的狀況
繞了一大圈, 生態的東西還是很重要的!!